Le Japon vient de quitter l'ère Edo pour entrer dans la période dite de la restauration Meiji, durant cette période l'archipel passe d'un isolationnisme sévère à une large ouverture au monde extérieur. Des changements importants ont lieu dans la vie quotidienne des japonais de l'époque la plus originale d'entre elles est l'insertion des Youkai dans la société. Ces derniers peuvent alors vivre "comme les humains" à condition d'être enregistrés... Le Kidô Shinsengumi est là pour faire respecter l'ordre du gouvernement nouvellement créé et punir les Youkai non licenciés !