Alors que les ombres de la guerre atomique planent encore sur le destin funeste de la Terre, Southern, l'héritier de l'école Nanto, une technique de combat qui détruit ses adversaires par des coups externes. Il fait régner la terreur en kidnappant les enfants qu'ils envoient aux travaux forcés pour ériger une pyramide à la gloire de son école et de sa branche, le Nanto Roku Seiten (les six poings sacrés du Nanto), la plus puissante et la plus destructrice de toutes. Au milieu du chaos émerge Kenshirô, l'héritier de l'école de la Grande Ourse, le Hokuto Shinken, rivale du Nanto. L'équilibre des deux écoles a toujours prévalu pour ne pas menacer la paix, mais les récents agissements de Southern et sa volonté de toute puissance, il se fait surnommé l'Empereur sacré, ont anéanti les espoirs d'un monde meilleur. Raoh, le grand frère de Kenshirô mène ses propres armées contre les troupes de Southern avec à ses côtés Reina, une amie d'enfance devenue son lieutenant le plus zélé. Shû, le descendant de l'étoile de la bonté de l'école Nanto Hakuro Ken (une branche moins puissante du Nanto), mène de son côté la résistance et tente de rallier des guerriers contre le despotisme de Southern. Par le passé, Shû s'était confronté à Kenshirô, alors jeune homme, lors du défi contre les dix hommes du Nanto. Ayant gagné le combat, Shu a préférer sacrifier ses yeux pour sauver Kenshirô de la mort, rituel immuable qui attend le perdant, sentant le potentiel de l'adolescent. Kenshirô, apatride et sans idéologie, erre depuis, aux côtés de Batt et Lynn, deux enfants sans racines. Peu à peu une évidence se confirme, Kenshirô doit affronter Southern dans un duel sans merci.