L'histoire se passe à New York. Un maître d'arts martiaux ayant fui le Japon est assassiné par son rival. Splinter, son rat domestique, qui a appris les arts martiaux en l'observant, se réfugie dans les égouts. Il y recueille 4 bébés tortues tombées là par accident. Exposés à une substance radioactive, les animaux mutent et se changent en créatures humanoïdes. Splinter ayant un livre sur l'art de la Renaissance, les tortues mutantes sont baptisées de noms de peintres de cette époque : Michaelangelo (Michel-Ange), Leonardo (Léonard de Vinci), Raphaël et Donatello. Ces tortues rafollent de la pizza, base de leur alimentation. Leur cri de guerre : Kowabunga