S.Darko se déroulera pendant l'été 1995, sept ans après le film original. Il suivra Samantha Darko, âgé de 17 ans et vivant dans une famille brisée et dont les membres ne peuvent plus communiquer. Elle prend la route pour Hollywood avec son meilleur ami Corey mais le voyage s'arrête assez rapidement alors que la voiture tombe en panne d'une manière inattendue et dans une petite ville déserte. Lorsqu'une météorite atterrit non loin de leur position, Samantha va être prise de visions étranges sur la fin du monde. Leur voyage ferait partie d'un plus grand plan. La jeune fille apprend alors qu'elle a été adoptée par la famille Darko et qu'elle n'a aucun lien avec Donnie. Elle va devoir affronter ses propres démons et sauver le monde en même temps qu'elle même.